A raça Mangalarga Marchador é tipicamente brasileira e surgiu há cerca de 200 anos, na Comarca do Rio das Mortes, no Sul de Minas, através do cruzamento de cavalos da raça Alter – trazidos da Coudelaria de Alter do Chão, em Portugal – com outros cavalos, selecionados pelos criadores daquela região de Minas Gerais.
A base de formação dos cavalos Alter é a raça espanhola Andaluza, cuja origem étnica vem de cavalos nativos da Península Ibérica, germânicos e berberes. Os cruzamentos dessas raças deram origem a animais de porte elegante, beleza plástica, temperamento dócil e próprio para a montaria. Os primeiros exemplares da raça Alter chegaram ao Brasil em 1808, com D. João VI. Os cavalos dessa raça eram muito valorizados em Portugal, e a família real investia em coudelarias (haras) para o aprimoramento da raça. Minas Gerais já se destacava como centro criador de equinos desde o século XVIII, e a chegada dos cavalos da raça Alter veio aprimorar ainda mais seus criatórios.
O Mangalarga Marchador teve como berço a fazenda Campo Alegre, no Sul de Minas. Ela pertencia ao Barão de Alfenas, a quem é atribuída à responsabilidade pela formação da raça. Outro fazendeiro importante na história do Mangalarga Marchador foi José Frausino Junqueira, que aprendeu a valorizar os cavalos marchadores por serem resistentes e ágeis para transportá-lo em suas longas jornadas. Há várias versões para o nome Mangalarga Marchador, mas a mais consistente está relacionada com a fazenda Mangalarga, localizada em Pati do Alferes, no Rio de Janeiro. O nome da fazenda era o mesmo de uma serra que existia na região. Seu proprietário um rico fazendeiro que, impressionado com os cavalos da família Junqueira, adquiriu alguns exemplares para os passeios elegantes, realizados no Rio de Janeiro.
Quando alguém se interessava pelos animais, ele indicava as fazendas do Sul de Minas. As pessoas procuravam os fazendeiros, perguntando pelos cavalos da fazenda Mangalarga, e esta referência se transformou em nome. Já o nome Marchador foi acrescentado pelo fato de alguns daqueles cavalos terem a função de marchar, em vez de trotar.